بهاییت در مسیر تاریخی و اعتقادی خود با چالش­های گوناگونی روبه­رو است که مهم­‌ترین آنها عبارتند از:

1. اختلاف بهاییت با آموزه‌ها و متون معتبر اسلامی

الف) مخالفت بهاییت با خاتمیت پیامبر اسلام

مسلمانان، حضرت محمد صلی الله علیه و آله را پیامبر اسلام و آخرین فرستاده خدا و اسلام را آخرین دین و کامل­ترین آیینی می­دانند که خداوند به بشر ارزانی داشته است و معتقدند پس از اسلام، دین دیگری نخواهد آمد. در زمینه خاتمیت پیامبر اسلام، آیه­ها و روایت­های زیادی در قرآن و منابع روایی وجود دارد. صریح­ترین آیه در این زمینه آیه 30 سوره احزاب است که می­فرماید:
ما کان محمد ابا احد من رجالکم و لکن رسول الله و خاتم النبیین.
محمد، پدر هیچ‌یک از مردان شما نیست. همانا او فرستاده خدا و پایان‌بخش پیامبران است.
همچنین در روایت معروف و مشهور «منزلت» که شیعه و سنی آن را قبول دارند، پیامبر اسلام خطاب به امیر مؤمنان علی علیه السلام می­فرماید:
یا عَلِی اَنتَ مِنّی بِمنزلةِ ‌هارونَ مِن موسی اِلّا اَنَّه لا نَبی بَعدِی.1
ای علی! جایگاه تو نسبت به من، همانند جایگاه هارون نسبت به موسی است، جز اینکه پیامبری پس از من نیست.
رهبران بهایی به‌گونه­ای شگفت­آور، از سویی آیات قرآن و حتی روایت­ها را تأیید می‌کنند و از سوی دیگر با معرفی خود به‌عنوان فرستادگان الهی، مدعی ادامه داشتن سلسله پیامبران الهی و منکر خاتمیت رسول خدا صلی الله علیه و آله شده‌اند. مبلّغان مختلف بهایی برای برطرف کردن این اختلاف، کوشش­های نافرجامی کرده­اند. ابوالفضل گلپایگانی، خاتمیت را وبای عام دینی می­نامد و در کتاب­های خود از جمله کتاب فرائد، عاجزانه درصدد انکار آن با توجیه‌های بی‌اساس است.2

ب) اعتراف باب و بها به خاتمیت پیامبر اسلام